Avenir de l'éducation, politique du gouvernement, décentralisation... lors du  congrès de Clermont-Ferrand en juin 2003, la FCPE a réclamé un grand débat national sur les ambitions de l'école.

Le congrès de Clermont-Ferrand a décidé de s'adresser directement au Premier ministre. Le texte « appelle solennellement le gouvernement à ouvrir, sans délais, des négociations sur l'avenir du système éducatif afin que le conflit actuel ne se transforme pas en crise qui affecterait durement l'avenir de la jeunesse "

La FCPE « exige un réel débat sur les missions de l'école et son fonctionnement avec l'ensemble des forces vives de la Nation, dont les fédérations de parents d'élèves ". La fédération affirme que « la place centrale de l'enfant dans le système éducatif n'est pas négociable. La place des parents doit être réaffirmée, respectée et approfondie".

Dans son discours d'ouverture, le président de la FCPE a affirmé « Messieurs les ministres, ce débat ne nous fait pas peur. Nous l'appelons de nos voeux, et bien au-delà du débat d'initiés. Nous le voulons méthodiquement organisé, pour que chaque citoyen puisse s'exprimer sans que la parole soit confisquée par les experts."